يختلف إنجيل يوحنا عن الأناجيل الإزائية (متى، مرقس، ولوقا) بتركيزه على الطبيعة الإلهية ليسوع. يبدأ بعبارة مشهورة: "في البدء كان الكلمة، والكلمة كان عند الله، وكان الكلمة الله".
يُسلّط يوحنا الضوء على معجزات يسوع السبع (الآيات)، مثل تحويل الماء إلى خمر وإقامة لعازر، مُثبتًا بذلك سلطانه الإلهي. كما يُسجّل عبارات "أنا هو" السبع، حيث يُعلن يسوع عن هويته (مثل: "أنا خبز الحياة"، "أنا الراعي الصالح").
يحتوي إنجيل يوحنا على أحاديث مطولة، منها حوار يسوع مع نيقوديموس عن "الولادة الجديدة" وصلاته من أجل الوحدة قبل صلبه. وينتهي الكتاب بموت يسوع وقيامته وظهوراته بعد القيامة. يُشدد إنجيل يوحنا على أن يسوع هو ابن الله الذي يمنح الحياة الأبدية لكل من يؤمن.